Muuntogeenisillä eläimillä tarkoitetaan eläimiä, joiden perinnöllisiä ominaisuuksia on pysyvästi muutettu geenitekniikan keinoin. Ensimmäisinä tuotantoon tulevat mahdollisesti muuntogeeniset lohikalat, jotka ovat muunnettu nopeakasvuisemmiksi. Muita eläinlajeja ei ole nähtävästi lähivuosina tulossa elintarviketuotannossa saakka käytettäviksi, vaikka tutkimusta tehdään toki muidenkin eläinten kohdalla.

Muuntogeenisiä eläimiä (mm. lampaita, lehmiä ja sikoja) on kehitetty myös lääketieteellisiin tarkoituksiin tuottamaan ihmisen terveydelle tärkeitä proteiineja, joita ei saada tuotetuksi muuntogeenisten mikrobien avulla. Tavoitteena on myös jalostaa kotieläimiä käyttämään rehujen ravinteita tehokkaammin hyväkseen, jolloin sillä on vaikutuksensa sekä eläimen kasvuun että tuotannon ympäristöhaittoihin.

Suhtautumista muuntogeenisiin eläimiin on tutkittu varsin vähän, mutta gm-kotieläimiin ei kuitenkaan suhtauduta niin myönteisesti, kuin esimerkiksi lääketieteellisessä tutkimuksessa käytettäviin jyrsijöihin. Eurobarometrien mukaan suhtautuminen on varsin kielteistä ja mielipiteet ovat käyttöä vastaan.